Pemeriksaan mikrobiologi

Pemeriksaan Mikrobiologi

Spesimen :bahan pemeriksaan klinik yang diambil dari seorang penderita penyakit infeksi untuk diperiksa di lab mikrobiologi

Spesimen / bahan pemeriksaan ujung tombak keberhasilan pemeriksaan mikrobiologi :- pemilihan obat yang tepat- kesembuhan yang cepat (menekan biaya berobat)Pengambilan, pengelolaan dan pengolahan spesimen

KlinisiParamedisLaboratoriumKlinisi - informasi data pasien - diagnose sementara - ragam & cara pengambilan spesimen - ragam pemeriksaan

Paramedis - pengelolaan spesimen pra laboratorium- transportasi spesimen ke laboratorium

Laboratorium - isolasi & identifikasi serta pola kepekaan etiologik penyakit yang cepat dan akurat

Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam pengambilan spesimen adalah :

1. Steril 2. Tidak diberi bahan kimia3. Wadah diberi label4. Dilampirkan surat pengantar dari klinisi5. Spesimen dikirim secepatnya

Pengambilan & pengelolaan spesimen pemeriksaan mikrobiologik :

1. Ragam bahan2. Pemilihan bahan3. Cara pengambilan bahan4. Pengelolaan pra laboratorium5. Pendataan (umur, jenis kelamin, profesi, tempat tinggal, gejala sakit)6. Pengiriman ke laboratorium

Ragam Bahan

- Darah (serologi & kultur)- Pus - Urin - Tinja - Sputum - Biopsi- Cairan otak (cerebrospinal fluid/CSF)- Serum- Lingkungan

2. Pemilihan bahan pemeriksaan/spesimen Disesuaikan dengan penyakit :

a. Darah sepsisb. Pus luka terbuka atau tertutupc. Urin (midstream, suprapubic) infeksi saluran kemihd. Tinja infeksi saluran pencernaane. Sputum infeksi saluran pernafasanf. Jaringan tubuh Clostridium dll

g. Biopsi paru, lambung dllh. CSF infeksi sistem saraf pusati. Lingkungan nosokomial, sterilitas makanan, minuman dan ruanganj. Serum pemeriksaan imunologi & virologi

3. Cara pengambilan bahanPengambilan bahan harus dilakukan secara aseptik atau menggunakan peralatan yang steril

a. Darah duplo dari tempat yang berbedab. Pus usapan dengan swab (infeksi terbuka), aspirasi (infeksi tertutup)c. Urin urin tengah (midstream), urin cateter dan urin suprapubicd. Tinja usapan dubur, tinja biasa e. CSF aspirasi

f. Jaringan (Biopsi)g. Lingkungan Infeksi nosokomial : acakFood poisoning : tinja / muntahan/ sisa makanan / bahan baku (mentah), juru masak / lingkungan tempat kerja

4. Pengelolaan bahan pra laboratorium

- Wadah steril, tertutup dan tidak terbuat dari logam - Media transport sesuai dengan kuman yang akan dicari :Charcoal gonokokusCarry Blair umum- tidak kena sinar matahari langsung - disimpan pada suhu dingin 4o C (kuman aerob)

5. Pendataan

- Nama, jenis kelamin, umur, alamat, profesi- Diagnose sementara- Permohonan ragam pemeriksaan- Tanggal/ jam pengambilan bahan- Jenis bahan pemeriksaan/spesimen

Contoh surat pengantar pemeriksaan lab

6. Pengiriman / transportasi spesimen

- Sesegera mungkin dengan/tanpa transport medium, tertutup, tidak terkena sinar matahari langsung- Suhu pengiriman :> kuman aerob (4o C)> kuman anaerob suhu kamar dengan sungkup anaerob> virus & sisa makanan (suhu -20o C)

Tujuan pemeriksaan mikrobiologik :

1. membantu menegakkan diagnose dengan mendapatkan mikroorganisme penyebab penyakit infeksi Identifikasi spesies2. uji kepekaan mikroorganisme yang berhasil diidentifikasi agar dapat diketahui cara pengobatan yang paling baik dan sesuai Terapi

Tahap / langkah-langkah identifikasi spesies kuman / mikroorganisme :

1. Pemeriksaan mikroskopik2. Penanaman / isolasi pada media yang sesuai3. Pemeriksaan / uji biokimia4. Uji kepekaan mikroorganisme terhadap antimikroba5. Percobaan hewan / binatang6. Uji serologi7. Rapid test

Pemeriksaan Mikroskopik

- pemeriksaan langsung mikroskopik dilakukan dengan membuat sediaan & diwarnai- pewarnaan Gram- Tujuan : a. melihat morfologi kuman b. mengetahui sifat kuman terhadap zat warna c. menentukan langkah selanjutnya, misalkan untuk memilih media yang akan digunakan- dapat menduga kuman tersangka 40 70%, terutama kuman dgn bentuk khas spt Clostridium tetani

2. Penanaman / Isolasi pada media yang sesuai

- Tujuannya melihat sifat koloni kuman tersangka karena beberapa kuman membentuk koloni khas spt koloni menjalar untuk Proteus - Sebelum ditanam, perlu pengolahan spesimen terlebih dahulu :a. Sentrifugasib. Pengenceran (Dilution)c. Pemanasand. Penambahan bahan kimia M. tuberculosise. Penggerusan

- Media-media yang akan digunakan (sifat & kegunaannya) : a. perbenihan diperkayab. perbenihan diferensial selektif c. perbenihan stok - Penanaman kuman dilakukan dengan metoda streak plate (penipisan goresan) media padat - Pengeraman pada inkubator. * aerob 37o C 18 24 jam * anaerob dalam anaerob jar 37o C , > 48 jam* mikroaerofilik sungkup 37o C , 18 24 jam

- identifikasi koloni dengan melihat pertumbuhan dan sifat koloni maka penentuan kuman tersangka semakin jelas, bahkan kadang dapat ditentukan jenisnya, misal kuman Streptococcus nonhemolyticus dapat ditentukan berdasarkan pemeriksaan mikroskopik dan melihat koloni yang tumbuh di ADP

3. Pemeriksaan / Uji biokimia - dilakukan untuk lebih meyakinkan penentuan jenis / spesies kuman - didasarkan atas fakta bahwa kuman mempunyai sifat berbeda dalam proses metabolismenya - uji biokimia harus menggunakan biakan murni pemeriksaan mikroskopik - uji biokimia secara cepat dapat dilakukan dengan KIT, misal KIT ENTEROTUBE kuman aerob, API-20 & RAPIDIANA kuman anaerob

EnterotubeUji biokimiaAPI-20

4. Uji kepekaan kuman tehadap antibiotika

- tes kepekaan dilakukan jika kuman telah teridentifikasi - untuk mengetahui pola kepekaan kuman pemberian obat yang sesuai - dapat dilakukan dengan dua metode :* metode cakram difusi agar (disc method)* pengenceran tabung (tube dilution)

Tube dilution testAgar diffusion method

5. Percobaan hewan / binatang

untuk mengetahui virulensi kuman, produksi toksin kuman dan juga membiak kuman yang tidak dapat dibiak pada media buatan/artifisial

6. Uji serologi

- berdasarkan reaksi antigen-antibodi spesifik, bila salah satunya telah diketahui

- terutama dilakukan apabila diperlukan diagnosa cepat dan juga bila hanya memperoleh antibodi dalam tubuh penderita karena kuman sulit diisolasi

Contoh : aglutinasi Widal, aglutinasi latex, Enzyme immunoassay (EIA), immunochromatography

ImmunochromatographyLatex agglutinationEnzyme immunoassay

6. Uji molekuler (molecular test)

- berdasarkan analisis susunan asam nukleat yang dimiliki oleh mikroorganisme - terutama efektif untuk mendeteksi/mengidentifikasi kuman yang sulit untuk dikultur atau lama pertumbuhannya. - aplikasi deteksi kuman langsung dari spesimen, identifikasi kuman, karakterisasi kuman pasca identifikasi

Contoh : hibridisasi (hibridisasi DNA-DNA, FISH) PCR, RT-PCR, elektroforesis (GE, DGGE, PFGE), sekuensing

Fluorescence in situ hybridization (FISH)PCRGel elektroforesis