Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected] http://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/ Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. Departemen Biologi FMIPA IPB. PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerah persebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand dan Indonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan). Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak dan pola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias, bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanan khas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terus menurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkan kerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitala sp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SK Mentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semua jenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upaya untuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasi sebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetik antara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagai dasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secara maternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yang ditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genom mitokondria terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genom mitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untuk mempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupun interspesies. page 1 / 102
Kolokium Ajeng - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]
Oct 19, 2019
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kolokium Ajeng
Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi GenomMitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. DepartemenBiologi FMIPA IPB.
PENDAHULUANLatar Belakang
Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerahpersebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand danIndonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan).
Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak danpola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias,bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanankhas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terusmenurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkankerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitalasp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SKMentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semuajenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upayauntuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasisebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetikantara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagaidasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida.
Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secaramaternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yangditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genommitokondria terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 protein yangterlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsisebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genommitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untukmempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupuninterspesies.
page 1 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genommitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae.
Waktu dan Tempat
Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di LaboratoriumZoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
BAHAN DAN METODE
Alat dan Bahan
Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA minikit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware.
Metode
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan GenomicDNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yangdisimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandisuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8)hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNAselanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(Geneaid).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akanmenggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer akan dilekatkan ke bagian yang paling
page 2 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggotaNotopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruasantara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primersize: min 20 – opt 24 – max 27, Tm: min 56 – opt 60 – max 63, GC content: min 33%– opt 48% –max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yangkomposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yangakan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dNTP, sedangkan kondisi PCRyang akan dioptimasikan adalah suhu annealing. Produk PCR akan diujimenggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, danEDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. SelanjutnyaDNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak.
Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
1 AP008921
Chitala blanci 5 AP008925
Notopterusnotopterus
2 AP008922
Chitala lopis 6 AP008926
Papyrocranuscongoensis
3 AP008923
Chitala ornata 7 AP008927
Xenomystus nigri
4 AP008924
Notopterusnotopterus
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
page 3 / 102page 3 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,Kumaza
page 4 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
waY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Acti
page 5 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
nopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoft
page 6 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkan
page 7 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
BelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasi
page 8 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,Paul
page 9 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
SK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.Aj
page 10 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
engSitiFatimah, AchmadFarajallahdan ArifWibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae.
page 11 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
KolokiumdisampaikanTanggal17Desember2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULUAN
LatarBelakang
Ikanbelidatergolong
page 12 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dalamFamiliNotopteridae,genus ChitaladengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKali
page 13 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mantan).
Ikanbelidamemilikinilaiekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsums
page 14 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
iataupunikanhias,bahkandiSumateraSelatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diselu
page 15 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ruhduniaterusmenurunkhususnyadiSumatraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu,
page 16 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ConservationAssessmentandManagementPlan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/K
page 17 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
pts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyatakanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikan
page 18 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
belidaialahdenganmengumpulkaninformasisebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukan
page 19 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
karakterisasigenommitokondriasebagaidasaraplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.
Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyang
page 20 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
diwariskansecaramaternal,dantidakmengalamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Gen
page 21 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagai
page 22 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
pengontroltranskripsiyangdikenalsebagaidloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagai
page 23 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
fenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspesiesmaupuninterspesies.
Tujuan
Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagen
page 24 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikanbelidabatikanggotaFamiliNotopteridae.
WaktudanTempat
Penelitianakandilaksanakanpad
page 25 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
abulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriumZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.
BAHANDANMETODE
AlatdanBahan
Alat-
page 26 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
alatyangakandigunakanialah ThermocyclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.
Metode
page 27 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayang
page 28 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
disimpandalamalkohol70%dicucidenganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume
page 29 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
350µl.SelseldarahdilisisdenganSDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengiku
page 30 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
tipetunjukGenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Amplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprim
page 31 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
eryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommito
page 32 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
kondriadari7spesiesanggotaNotopteridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:product
page 33 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
size:7000-9000,primersize:min20 –opt24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µl
page 34 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yangkomposisipereaksidankondisinyaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisi
page 35 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
PCRyangakandioptimasikanadalahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA
page 36 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
0.1Mm)yangdijalankanpadakondisi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.
TabelTujuhspesiesanggota
page 37 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopteridae diGenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
1 AP008921
Chitala blanci 5 AP008925
Notopterusnotopterus
2 AP008922
Chitala lopis 6 AP008926
Papyrocranuscongoensis
3 AP008923
Chitala ornata 7 AP008927
Xenomystus nigri
4 AP008924
Notopterusnotopterus
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
page 38 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoric
page 39 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
albiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).Molecular
page 40 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
PhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandprotein
page 41 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
sequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi
page 42 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndi
page 43 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
vidu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheend
page 44 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
angeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.AjengSitiFatimah, AchmadFarajallahdan Arif
page 45 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Wibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae. KolokiumdisampaikanTanggal17Desember
page 46 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULUAN
LatarBelakang
IkanbelidatergolongdalamFamiliNotopteridae,genus Chitala
page 47 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKalimantan).
Ikanbelidamemilikinilai
page 48 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsumsiataupunikanhias,bahkandiSumatera
page 49 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Selatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diseluruhduniaterusmenurunkhususnyadiSum
page 50 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
atraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu, ConservationAssessmentandManagement
page 51 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Plan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/Kpts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyata
page 52 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
kanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikanbelidaialahdenganmengumpulkaninformas
page 53 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
isebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukankarakterisasigenommitokondriasebagaidasar
page 54 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
aplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.
Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecaramaternal,dantidakmen
page 55 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
galamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Genommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi
page 56 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai
page 57 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagaifenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspes
page 58 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
iesmaupuninterspesies.
Tujuan
Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagenommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikan
page 59 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
belidabatikanggotaFamiliNotopteridae.
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriu
page 60 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.
BAHANDANMETODE
AlatdanBahan
Alat-alatyangakandigunakanialah Thermoc
page 61 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.
Metode
EkstraksidanIsolasiDNA. Isolasi
page 62 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayangdisimpandalamalkohol70%dicuci
page 63 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
denganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume350µl.Selseldarahdilisisdengan
page 64 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
SDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjukGenomicDNAminikitfor
page 65 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
freshblood(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. AmplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrim
page 66 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
er 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommitokondriadari7spesiesanggotaNotopte
page 67 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:productsize:7000-9000,primersize:min20 –opt
page 68 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µlyangkomposisipereaksidankondisin
page 69 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisiPCRyangakandioptimasikanadal
page 70 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA0.1Mm)yangdijalankanpadakon
page 71 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
disi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.
TabelTujuhspesiesanggotaNotopteridae diGenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
page 72 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
page 73 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
1
page 74 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008921
page 75 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala blanci
page 76 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
5
page 77 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008925
page 78 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopterusnotopterus
page 79 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
2
page 80 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008922
page 81 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala lopis
page 82 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
6
page 83 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008926
page 84 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Papyrocranuscongoensis
page 85 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
3
page 86 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008923
page 87 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala ornata
page 88 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
7
page 89 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008927
page 90 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Xenomystus nigri
page 91 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
4
page 92 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008924
page 93 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopterusnotopterus
page 94 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
page 95 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusing
page 96 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
page 97 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
Mad
page 98 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
angK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
page 99 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :
page 100 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)from
page 101 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
someIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.
Related Documents
