Home >Documents >klasifikasi mikroba

klasifikasi mikroba

Date post:29-Jan-2016
Category:
View:114 times
Download:29 times
Share this document with a friend
Description:
biologi
Transcript:
  • Klasifikasi MikroorganismePertemuan ke-2 Mikrobiologi Pertanian(AET 209)

  • Taksonomi Ilmu yang mempelajari klasifikasi mikroorganisme Untuk menunjukkan hubungan di antara mikroorganisme cara untuk memperoleh identifikasi universal dari satu organisme Mengapa kita harus perduli kalau mereka saling berhubungan?

  • Taksonomi berkaitan dengan: Klasifikasi Penamaan (Nomenclature) Identifikasi

  • Q & A Pneumocystis jirovecii awalnya diidentifikasi sebagai protozoa hingga analisa DNA menunjukkannya sebagai jamur.

    Mengapa sangat penting mengklasifikasikan suatu organisme?

  • Dari lebih 2600 spesies yang telah diidentifikasiHanya lebih kurang 250 atau 10% yang merupakan patogen

  • KLASIFIKASI

  • Klasifikasi:Pembagian sistematika dari suatu organisme menjadi taksa tertentu berdasarkan karakteristik yang sama

  • Klasifikasi secara konvensional Karakteristik utama yang digunakan adalah: Bentuk sel Ukuran sel Morfologi koloni Karakteristik ultrastruktur Kebiasaan pewarnaan Mekanisme pergerakan Isi sel Sumber karbon & nitrogen Bahan penyusun dinding selSumber energi Hasil FermentasiSuhu pertumbuhan optimum & kisarannyaToleransi osmosis Hubungan oksigen pH optimum & kisaran pertumbuhanSensitivitas terhadap metabolic inhibitors & antibiotics

  • Klasifikasi Phylogeny Menunjukkan hubungan evolusioner dan sejarah di antara organisme Beberapa diperoleh dari data fosil Hanya mungkin dengan menggunakan teknik molekuler:- Genetic Homology:Base composition (GC ratio)Nucleic acid hybridisation. Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysisProtein profiles and amino acid sequences

  • Hierarchy

  • Klasifikasi IntraspeciesBiotypes Biochemical properties.

    SerotypesAntigenic features.

    Phage Types Bacteriophage susceptibility.

    Colicin TypesProduction of bacteriocins.

  • Defenisi SpesiesSpesiesTaksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme yang spesifik dan dikenaliBagi organisme yang bereproduksi secara seksual, definisi dasar dari spesies adalah yang mampu bereproduksi secara sesuai. Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies mikroba (termsuk bakteri), karena mereka tidak bereproduksi secara seksual.

  • Defenisi SpesiesSpesies di dalam mikrobiologi:- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti dan berbeda secara nyata dari grup strain lainnya.- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan type strains yang telah diketahui. type strain adalah kultur murni yang telah dikarakterisasi dengan baik,sebagai referensi untuk identifikasi yang belum diketahui.- Ada beberapa koleksi dari type strain; Contoh. American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ)

  • The Three-Domain System

  • The Three-Domain System

  • Asal Usul Eukaryota oleh Proses Endosimbiosis

  • Asal Usul Eukaryota oleh Proses EndosimbiosisAsal usul sel eukaryota yang pertama telah menjadi perdebatan Eukaryota modern memiliki DNA di dalam nukleus (inti sel), mitokondria and chloroplastsMenganalisa properti DNA ini and prokaryota modernBaik Bakteri maupun Archaea saling berkontribusi nyata satu dan lainnya Hubunga Symbiosis 2 spesies hidup dengan bersentuhan secara langsung Endosimbiosis satu organisme hidup di dalam organisme lain Data mendukung teori ini

  • Bakteri

    Archaea

    ProkaryotaMemiliki dinding sel peptidoglycan Binary fissionMenggunakan bahan kimia organik/inorganik atau fotosintesis untuk memperoleh energiProkayotaTidak memiliki peptidoglycanHidup pada lingkungan yang ekstrimTermasuk: - Methanogens - Extreme halophiles - Extreme thermophiles

  • Jenis-Jenis EukaryotaProtozoaAlgaeEukaryota bersel tunggalMenyerap bahan kimia organik Dapat pindah menggunakan pseudopods, cilia atau flagellaCth. AmoebaEukaryote bersel tunggal/banyakMemiliki dinding sel bersellulosa Mendapatkan energi melalui fotosintesisMenghasilkan bahan molekuler and organik

  • Jamur Eukaryota Dinding sel mengandung chitin Menggunakan bahan kimia organik untuk menghasilkan energi Lumut dan jamur adalah multiselluler, mengandung miselia (yang terdiri dari benang-benang yang disebut hifa) Yeasts adalah bersel tunggal (unicellular)

  • Klasifikasi virus?Tidak ditempatkan di Domain atau KingdomKenapa?Spesies biasanya suatu populasi virus dengan karakteristik yang sama yang menempati suatu niche ekologi yang tertentu

  • Nomenclature

  • Nomenclature Penamaan ilmiah dari suatu mikroorganisme Diatur oleh Peraturan Internasional (The International Code of Nomenclature of Prokaryotes). Species/genus baru divalidasi dan dipublikasi di The International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (former: The International Journal of Bacteriology)

  • Peraturan untuk Penamaan Mikroorganisme Hanya ada 1 nama yang benar untuk 1 organisme Nama yang menyebabkan kesalahan harus ditolak Semua nama harus ditulis dalam huruf Latin - Kata pertama (Genus) selalu ditulis dengan huruf besar - Kata kedua (Species) tidak ditulis dengan huruf besar - Nama genus dan species Species, ditulis dengan digarisbawahi atau dicetak miring - Nama yang benar dari satu species atau taksa yang lebih tinggi harus ditentukan oleh publikasi yang sah, dan dan nanya harus sesuai dengan peraturan penamaan

  • Nama Ilmiah Mungkin merupakan suatu penghargaan bagi seorang ilmuwan

    Asal usul dalam bahasa LatinContoh. Escherichia coli (E. coli)- penemu: Theodor Escherich- menjelaskan tempat hidupnya (habitat) (colon/intestine)Contoh. Staphylococcus aureus (S. aureus)- Clustered (staphylo), spherical (cocci)- Gold colored colonies (aureus)Contoh. Ralstonia solanacearum (R. solanacearum)- penemu : Ericka Ralston- menginfeksi tanaman famili Solanaceae

  • Nomenclature Nama umum/nama deskriptif :

    Nama-nama mikroorganisme mungkin umum digunakan, tapi bukan nama secara taksonomiContoh: Tubercle bacillus / disease = tuberculosis (Mycobacterium tuberculosis) Meningococcus/ disease = meningitis (Neiserria meningitidis) Group A streptococcus (Streptococcus pyogenes)

  • Identifikasi

  • Bergey's Manual- Metode untuk membedakan dan mengidentifikasi bakteri yang disusun dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology- Bergey's Manual of Systematic BacteriologyMenyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik dan kimia dan sistem identifikasi dari bakteri yang penting

  • Morphological characteristicsPresence of various enzymesSerological testsPhage typingFatty acid profilesDNA finger printingSequence of ribosomal RNAIs still very difficultBergeys Manual of Systematic Bacteriology

  • Metode IdentificationMorphological characteristics: Useful for identifying eukaryotesDifferential staining: Gram staining, acid-fast stainingBiochemical tests: Determines presence of bacterial enzymesA dichotomous key

  • Contoh Identifikasi Bakteri dengan MenggunakanMetode Klasik Mikrobiologi

  • Contoh Tes Biokimia untuk Identifikasi Bakteri

  • Contoh Tes Biokimia untuk Identifikasi Bakteri

  • Design a rapid test for a Staphylococcus aureus

  • Serology (ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)Combine known antiserum + unknown bacteriumSlide agglutinationELISAWestern blotSouthern Blot DNA chip

  • Phage TypingMenentukan kepekaan suatu strain terhadap phage atau virus bakteri tertentu

  • DNA Fingerprinting

  • Terima Kasih

    *

Click here to load reader

Embed Size (px)
Recommended