Top Banner
MEMBANGUN JARINGAN PC CLUSTER MEMBANGUN JARINGAN PC CLUSTER UNTUK KEPERLUAN UNTUK KEPERLUAN NUMERICAL WEATHER PREDICTION NUMERICAL WEATHER PREDICTION Tim Puslitbang BMKG Tim Puslitbang BMKG Pusat Penelitian dan Pengembangan Badan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika 2009 BMKG
58

Cluster Matter

Jun 20, 2015

Download

Documents

Muhammad Indra
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Page 1: Cluster Matter

MEMBANGUN JARINGAN PC CLUSTERMEMBANGUN JARINGAN PC CLUSTERUNTUK KEPERLUAN UNTUK KEPERLUAN

NUMERICAL WEATHER PREDICTIONNUMERICAL WEATHER PREDICTION

Tim Puslitbang BMKGTim Puslitbang BMKG

Pusat Penelitian dan PengembanganBadan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika

2009

BMKG

Page 2: Cluster Matter

Outline

• Numerical Weather Prediction (NWP)• Preview linux• Konfigurasi PC Cluster• Instalasi PC Cluster• Running CCAM• Troubleshooting

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 3: Cluster Matter

Numerical Weather Prediction• Numerical weather prediction is the science of predicting the weather

using "models" of the atmosphere and computational techniques. (www.sciencedaily.com)

• Atmospheric models are based on the physical/dynamical equations that govern the atmospheric flow, written as a computer code. Initial conditions are obtained by combining short model forecasts with new observations (a process called data assimilation). When a model is integrated in time (i.e., the model codes are run) starting from the initial conditions, the output is a numerical weather prediction. (http://www.atmos.umd.edu/research/AOSC_research_nwp-data_assim.html)

• The atmosphere is a fluid. The basic idea of numerical weather prediction is to sample the state of the fluid at a given time and use the equations of fluid dynamics and thermodynamics to estimate the state of the fluid at some time in the future.(www.wikipedia.org)

Puslitbang BMKG

BMKG

Page 4: Cluster Matter

• Penggunaan NWP digagas pertama kali oleh Lewis Fry Richardson (1922) namun gagal, sebuah tim dari Amerika yang terdiri dari Jule Charney, Philip Thompson, Larry Gates, Ragnar Fjörtoft dan John von Neumann (1950) berhasil menerapkan NWP menggunakan ENIAC digital computer.

• Karena perhitungan NWP menggunaan persamaan-persamaan matematika yang rumit dan banyak, sehingga perhitungannya harus menggunakan memori komputer yang besar. Biasanya perhitungan NWP menggunakan super komputer yang harganya sangat mahal.

• PC Cluster merupakan gabungan dari beberapa buah computer yang bekerja layaknya sebagai sebuah computer, dimana masing-masing computer dihubungkan oleh sebuah jaringan LAN (Local Area Network). Spesifikasi tiap-tiap computer dalam satu kelompok PC cluster biasanya mempunyai konfigurasi yang sama (tetapi bukan suatu keharusan).

BMKG

Puslitbang BMKG

Numerical Weather Prediction

Page 5: Cluster Matter

• Dikembangkan dari bahasa UNIX oleh Linus Torvalds berkebangsaan Finlandia pada tahun 1991.

• Mempunyai Lisensi GPL (General Public Licence) / dapat dikembangkan oleh siapa saja.

• Beberapa distro yang populer : Red Hat, Fedora Core, Debian, Slackware, SuSE, Knoppix, Ubuntu, Mandriva.

• Mempunyai struktur perintah sbb :command _[OPTIONS] _[ARGUMENTS]contoh : ls –l /etc (melihat isi direktori etc)

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

Page 6: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

• Struktur file pada Linux/bin - aplikasi biner penting/boot - lokasi berkas konfigurasi untuk boot./dev - berkas peranti (device)/etc - berkas konfigurasi, skrip startup, dll (etc).../home - direktori pangkal (home) untuk pengguna/lib - libraries yang diperlukan oleh sistem/lost+found - menyediakan sistem lost+found untuk berkas yang berada dibawah direktori root (/)/media - mount (memuat) removable media seperti CD-ROM, kamera digital, dll.../mnt - untuk me-mount sistem berkas

http://www.ubuntu-id.org/doc/edgy/xubuntu/desktopguide/id/linux-basics.html

Page 7: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

/opt - tempat lokasi untuk menginstal aplikasi tambahan (optional)/proc - direktori dinamis khusus yang menangani informasi mengenai kondisi sistem, termasuk proses-proses (processes) yang sedang berjalan/root - direktori pangkal untuk root, diucapkan 'slash-root'/sbin - sistem biner penting/sys - mengandung informasi mengenai system/tmp - berkas sementara (temporary)/usr - tempat aplikasi dan berkas yang sering digunakan oleh pengguna (users)/var - berkas variabel seperti log dan database

http://www.ubuntu-id.org/doc/edgy/xubuntu/desktopguide/id/linux-basics.html

Page 8: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

Page 9: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

www.filecluster.com

Page 10: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

Beginning Fedora From Novice to Professional

Page 11: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

• ccam@fedora[/]$ccam “nama user yang sedang aktif saat ini” fedora “nama localhost”[/] “lokasi saat ini”$ “tanda user biasa / untuk user root menggunakan tanda # (pagar)”

• -rwxr-xr- xx ccam ccam 1024 jul 8 09:44 .litbang- “tanda (-) diawal merupakan tanda file biasa. Untuk direktori ditandai dengan huruf (d)rwxrwxrwx “merupakan tanda status kepemilikan file. Tiga huruf pertama dimiliki oleh u(user) berikutnya g(group) dan yang terakhir o(others).ccam “status user pemilik file”ccam “status group pemilik file”

Page 12: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

1024 “ukuran file” jul 8 09:44 “jam dan tanggal dibuat “.litbang “nama file (tanda titik didepan naman file menandakan bahwa file tsb hidden”

Page 13: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• alias : Untuk membuat alias dan menampilkan alias yang sudah diset sebelumnya

• cp: Copy, untuk melakukan proses copy file

http://linux2.arinet.org

Page 14: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• chmod: Untuk mengganti perijinan pada file atau direktori

• chown: Mengganti kepemilikan atas file atau direktori

• chgrp: Untuk mengganti grup pemilik suatu file atau direktori

http://linux2.arinet.org

Page 15: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• clear: Untuk membersihkan tampilan layar monitor

• cat: Menampilkan isi dari suatu file

• cd: Change Directory, untuk berpindah/berganti direktori.

http://linux2.arinet.org

Page 16: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• cal: Menampilkan kalender.

• date: Menampilkan informasi tanggal dan waktu saat ini.

http://linux2.arinet.org

Page 17: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• du: Menampilkan penggunaan kapasitas harddisk oleh suatu direktori.

http://linux2.arinet.org

Page 18: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• df: Menampilkan penggunaan partisi harddisk secara keseluruhan. df -h

• file : Untuk melihat tipe file.

http://linux2.arinet.org

Page 19: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux• grep: Untuk mencari suatu “string” atau “pattern” tertentu pada suatu file

• head: Secara default menampilkan 10 baris pertama pada suatu file. Jika ingin menampilkan jumlah baris yang berbeda dapat menggunakan option –n diikuti jumlah baris yang diinginkan.

http://linux2.arinet.org

Page 20: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• history: Menampilkan perintah-perintah yang telah digunakan sebelumnya. Note: Linux memiliki fasilitas untuk menyimpan perintah-perintah yang pernah digunakan.

Page 21: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• ls: Untuk menampilkan isi dari suatu direktori.

Page 22: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

option -l berfungsi untuk menampilkan file dalam format long seperti yang terlihat pada contoh. Jika tidak menggunakan option -l maka hasilnya akan seperti di bawah ini

Page 23: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• less: Untuk menampilkan isi dari suatu file. Dengan perintah “less”, saat menampilkan suatu file maka file akan terbuka dan dapat di scroll-up & scroll-down. Untuk keluar dari tampilan “less” dapat dilakukan dengan menekan tombol 'q'. Perintah less ini lebih cocok dikatakan sebagai fileviewer, karena dapat menampilkan file tetapi tidak dapat melakukan proses update/editing.

Page 24: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• man: Menampilkan halaman bantuan/manual (help-page) untuk perintah yang diminta. Linux memiliki kelengkapan dokumentasi yang sangat tepat untuk dijadikan referensi. Halaman bantuan/manual ini biasanya selalu disertakan pada masing-masing program/perintah dan yang bersifat sangat informatif. Untuk menampilkan halaman-halaman manual, sistem menggunakan program “less”, karena itu untuk keluar dari halaman manual dapat dilakukan dengan menekan tombol 'q'.

Page 25: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• mkdir: Membuat direktori

• mv: Untuk memindahkan atau mengganti nama suatu file atau direktori.

Page 26: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• ping: Untuk melakukan test konektivitas/hubungan antara dua komputer dalam suatu jaringan (LAN).

• pwd: Present Working Directory, menampilkan informasi direktori aktif saat ini.

Page 27: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• rm: Menghapus file/direktori.

• rmdir: Menghapus direktori. Serupa dengan perintah rm -r, hanya saja perintah ini khusus untuk menghapus direktori.

Page 28: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• su: Untuk berganti user aktif. Jika hanya menggunakan su saja maka diasumsikan user yang dituju adalah root.

• tail: Secara default menampilkan 10 baris terakhir pada suatu file. Jika ingin menampilkan jumlah baris yang berbeda dapat menggunakan option -n diikuti jumlah baris yang diinginkan.

Page 29: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• top: Untuk menampilkan aplikasi yang menggunakan resource CPU dan MEMORI terbesar pada sistem.

Page 30: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• uname: Menampilkan informasi Sistem Operasi (distro, versi, nama mesin dll).

Page 31: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• vi: Teks editor vi.

• who: menampilkan informasi user yang sedang login pada sistem.

Page 32: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Preview Linux

http://linux2.arinet.org

• whoami: Menampilkan informasi user yang digunakan.

• wc: Word Count, menampilkan jumlah bytes, kata dan baris dalam suatu file

Page 33: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Konfigurasi PC Cluster• Terdiri atas 1 Master Node dan beberapa Client node• Dihubungkan dengan menggunakan Switch• Biasanya mempunyai konfigurasi / spesifikasi yang sama• Untuk Master Node, mempunyai 2 Ethernet card (hubungan antar PC dan

hubungan dengan jaringan internet) sedangkan untuk Client Node hanya mempunyai 1 Ethernet card.

• Hanya membutuhkan sebuah monitor, keyboard dan mouse yang dipasang pada Master PC.

• Idealnya mempinyai sebuah KVM switch (Keyboard, Video or Visual Display Unit and Mouse)

http://en.wikipedia.org/wiki/KVM_switch

Page 34: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Konfigurasi PC Cluster

Page 35: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Konfigurasi PC Cluster

Page 36: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC Cluster• Software yang dibutuhkan

Operating System : ada beberapa OS Linux yang sudah di desain untuk keperluan PC Cluster seperti Rocks Cluster. Namun dapat juga digunakan OS Linux biasa seperti fedora, Suse atau OS lainnya.

Software MPI (Message Parsing Interface): Ada banyak pilihan software untuk MPI, namun yang digunakan saat ini ada MPICH2. Software pengatur memori yang digunakan saat menjalankan suatu program.

Fortran Compiler : Digunakan untuk meng-compile suatu program. menggunakan Intel Fortran Compiler yang dapat di download gratis.

GrADS (The Grid Analysis and Display System) : Software analisis output CCAM

Page 37: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC Cluster• Software yang dibutuhkan

NX software (bukan suatu keharusan): software untuk melihat tampilan desktop node.

NetCDF : Library yang digunakan untuk membaca file yang mempunyai format NetCDF

tcsh : C Shell Scripting Language pada beberapa distro Red Hat dan turunannya.

NFS : Network File System. Menyediakan ruang (Area Public) yang digunakan untuk menjalankan suatu software

perhatian: semua software diatas (kecuali NX software) hanya di install pada Master Node

Page 38: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Instalasi MPICH2

tar xfz mpich2.tar.gz “ektraksi paket MPICH2”

mkdir /home/ccam/mpich2-1.0 “membuat folder mpich2-1.0 pada direktori /home/ccam”

./configure -prefix =/home/ccam/mpich2-1.0 “konfigurasi installer dan membuat path install pada /home/ccam/mpich2-1.0”

make “menyiapkan paket instaler”

make install “melakukan instalasi”

Setelah proses instalasi berhasil tambahkan path lokasi dimana file MPICH2 di install pada file .bashrc di /home/ccam: PATH=$PATH:/home/ccam/mpich2-1.0/bin:

bash “me-refresh perubahan pada file .bashrc”

Page 39: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Instalasi MPICH2

which mpiexec “cek binary mpiexec”

Buat file .mpd.conf pada direktori /home/ccam yang berisi SECRETWORD=mr45-j9z , kemudian jalankan perintah berikut:-touch .mpd.conf-chmod 600 .mpd.conf

Buat file mpd.hosts pada direktori /home/ccam, kemudian ketikan perintah berikut:compute ncpus=x “dimana compute merupakan nama komputer tiap-tiap node dan nilai x merupakan jumlah processor pada masing-masing computer”

Untuk menjalankan node yang tersedia serta menjalankan program-mpdboot –n(jumlahpc) --ncpus=(jumlah prosessor pada masing-masing pc)-mpiexec –n(jumlah total processor) (nama program)

Page 40: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Instalasi Intel Fortran Compiler

tar -xvf l_fc_p_9.1.xxx.tar atau tar -zxvf l_fc_p_9.1.xxx.tar.gz “ekstraksi file”

./install.sh “menjalankan perintah instalasi di dalam folder hasil ekstraksi (harus dalam user root)”

Skript tersebut akan menampilkan beberapa pilihan untuk instalasi.Pilih opsi |1| lalu tekan enterKemudian akan ada pesan yang meminta anda memasukan file Intel Compiler serial number (*.LIC), masukan lokasi dimana anda menyimpan file tersebut.Pilih Typical Install –ketik |1| kemudian tekan enter.Tekan enter sekali lagi untuk menampilkan license agreement. Kemudian ketik |accept| dan tekan enter.Apabila instalasi berhasil ketik |x| dan tekan enter untuk keluar dari proses instalasi

which ifort “cek binary ifort”

Page 41: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Instalasi GrADS

cp grads /usr/local/ “copy folder grads ke dalam folder /usr/local (harus sebagai root)”

Setelah proses berhasil tambahkan path lokasi dimana file GrADS di install pada file .bashrc di /home/ccam: PATH=$PATH:/usr/local/grads/bin:

bash “refresh perubahan”

which grads “cek binary grads”

• Instalasi NX softwarerpm –ivh nxnode_xxx.rpm “instalasi software nxnode”

rpm -ivh nxclient_xxx.rpm “instalasi software nxclient”

rpm –ivh nxserver_xxx.rpm “instalasi software nxserver” Perhatian : untuk software yang lain dapat digunakan perintah yang sama dengan instalasi NX

Page 42: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Setting file hosts

vi /etc/hosts “membuka file hosts pada folder etc” kemudian tambahkan sbb:

Page 43: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Setting file hosts

tekan tombol Esc : wq ! “menyimpan perubahan pada file hosts”

scp /etc/hosts [email protected]:/etc/hosts “copy file hosts ke komputer client1

scp /etc/hosts [email protected]:/etc/hosts “copy file hosts ke komputer client2 ping client1 “cek koneksi client1”

ping client2 “cek koneksi client2”

• Setting file exports vi /etc/exports “membuka file hosts pada folder etc”

tekan tombol Esc : wq ! “menyimpan perubahan pada file exports”

Page 44: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Setting file exports

Page 45: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Master Node• Setting ssh (secure shell) user root dan ccam

su “masuk sebagai user root” lalu masukan password root

ssh-keygen –t rsa “membuat keygen ssh untuk user root” akan terbentuk folder .ssh di /home/ccam

cp id_rsa.pub authorized_keys “merubah file id_rsa_pub menjadi authorized keys”

scp .ssh [email protected]:/ “copy folder .ssh ke komputer client1”

scp .ssh [email protected]:/ “copy folder .ssh ke komputer client2”

perhatian: lakukan hal yang sama user ccam tanpa harus mengkopi ke client1 dan client2

Page 46: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Client Node• Setting file fstab Client

vi /etc/fstab “membuka file fstab pada folder etc pada Client” kemudian tambahkan sbb:

Page 47: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterKonfigurasi Client Node• Setting file fstab Client

su “masuk sebagai user root”

mv /home/ccam /home/ccam1 “merubah folder ccam menjadi ccam1”

mkdir ccam “membuat folder ccam”

chown ccam:ccam ccam “merubah hak kepemilikan folder ccam”

mount –a “mounting device”

df –h “melihat list direktori yang ada”

perhatian: lakukan hal yang sama pada client lain

Page 48: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

Instalasi PC ClusterCluster Check

ssh client1 “masuk ke Client1 Node” pastikan masuk tanpa meminta password

mount -a “mounting device”

ssh client2 “masuk ke Client2 Node” pastikan masuk tanpa meminta password

mount –a “mounting device”

mpdboot –n 3 –ncpus=2 “menyiapkan resource PC”

mpdtrace “melihat resource PC yang siap”

mpiexec –n 6 /home/ccam/ccam/nwp/scripts/startforecast.sh “menjalankan file startforecast .sh dengan menggunakan perintah pembagian kerja (mpiexec)”

Page 49: Cluster Matter

Running CCAM• CCAM merupakan software model dinamik atmosfer untuk prakiraan,

simulasi cuaca dan iklim global, regional dan lokal suatu wilayah.

• Ketentuan dasar software :– Sistem instalasi.– Memiliki objective code, script untuk setting dan simulasi proses, informasi datafile

untuk terrain, land-use dan soil.– Membutuhkan data input berupa data model global (data reanalisis), data topografi dan

dataset land-use.– Memiliki setting parameter berupa namelist.– Berbasis variable gridding.– Menghasilkan output file dalam format NetCDF.

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 50: Cluster Matter

Running CCAM• Ketentuan dasar hardware yaitu dapat di-running pada single komputer

dan atau paralel processor (PC cluster) dengan minimum spesifikasi :– Processor Pentium IV/2GHz atau lebih tinggi.– Sistem operasi Unix/Linux dan Windows XP.– Memiliki RAM 512 Mb atau lebih besar.– Intel fortran compiler versi 8 atau lebih.– Library software NetCDF yang telah di-compile dengan Intel fortran compiler.– Kapasitas harddisk kosong 20 Gb atau lebih besar.– Akses FTP untuk aplikasi NWP (Numerical Weather Prediction) untuk men-download

initial condition– Data NCEP 2.5 deg reanalysis (atau yang sesuai) untuk simulasi iklim dan downscaling.– Tools untuk visualisasi (GrADS atau FERRET).

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 51: Cluster Matter

Running CCAMCCAM Single Processor• Pada sistem operasi Unix / Linux, proses instalasi CCAM hanya dilakukan dengan meng-copy

paket software CCAM ke dalam sistem dan melakukan setting path untuk dapat mengakses file-file binary CCAM secara langsung.

• Akan tetapi, sebelum me-running CCAM harus dipastikan beberapa paket program harus terinstall dalam sistem Unix/Linux, diantaranya :

– Intel fortran compiler versi 8 atau lebih. (l_fc_c_9.1.036.tar.gz)– Library software NetCDF yang telah di-compile dengan Intel fortran compiler.

(netcdf.tar.gz)– Tools untuk visualisasi GrADS. (grads-1.8sl11-linux.tar.gz)

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 52: Cluster Matter

Running CCAMCCAM Single Processor• Adapun file-file binary CCAM yang di-copy kedalam sistem, diantaranya :

– aerosol.48 (men-generate aerosol seperti CO2, sulfate untuk C48)– aerosol.96 (men-generate aerosol seperti CO2, sulfate untuk C96)– cc2hist (mengkonversi dari cubic conformal grid ke regular grid)– ccam2tapmx (mengkonversi output CCAM menjadi input TAPM)– cdfvidar2 (mengkonversi dari regular grid ke cubic conformal grid untuk C48)– cdfvidar2.96 (mengkonversi dari regular grid ke cubic conformal grid untuk C96)– extractd (men-generate vegetation, land-use untuk C48)– extractd.96 (men-generate vegetation, land-use untuk C96)– g2n (mengkonversi format data dari GRIB/GRIB2 ke NetCDF)– globpea.96q1 (binary untuk single processor - C96)– globpea.q1 (binary untuk single processor – C48)– smclim (men-generate data soil dari soil climatology)– terread (men-generate data topografi untuk C48)– terread.96 (men-generate data topografi untuk C96)

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 53: Cluster Matter

Running CCAMCCAM Multi Processor• Untuk instalasi CCAM dengan multi processor hanya perlu meng-install paket mpich2-

1.0.3.tar.gz yang merupakan paket software untuk shared/distribution memory pada master node dan menyediakan sebuah direktori yang dapat diakses oleh semua computation node (PC) dengan menggunakan fasilitas NFS (Networking File System).

• Untuk fasilitas NFS, pada beberapa Distro Linux telah terinstall secara otomatis, misalnya pada RockCluster (salah satu distro untuk paralel PC). Sehingga hanya perlu menginstall paket mpich2 saja

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 54: Cluster Matter

Running CCAMCCAM Multi Processor• File-file binary tambahan untuk CCAM multi processor, diantaranya :

– globpea.q2 (binary untuk 2 processor – C48)– globpea.q3 (binary untuk 3 processor – C48)– globpea.q6 (binary untuk 6 processor – C48)– globpea.q12 (binary untuk 12 processor – C48)– globpea.96q2 (binary untuk 2 processor – C96)– globpea.96q3 (binary untuk 3 processor – C96)– globpea.96q6 (binary untuk 6 processor – C96)– globpea.96q12 (binary untuk 12 processor – C96)

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 55: Cluster Matter

Running CCAM• Pada single processor :

– globpea.q1 >&! log.file(me-running CCAM single processor dan menulis log file)

• Pada multi processor :– mpiexec –n N globpea.qN >&! log.file

(me-running CCAM dengan N processor dan menuliskan output di log.file)Pada multi processor, terlebih dahulu harus dijalankan sistem shared memory agar CCAM dapat di-running. Pada paket software mpich2, dijalankan perintahmpdboot –n M --ncpus=K(N = jumlah node, K = jumlah processor dalam master node)pada master node sebelum CCAM dijalankan. Untuk identifikasi jumlah processor pada computation node dituliskan pada file mpd.hosts.

Contoh file mpd.hostscompute-0-0 ncpus=2compute-0-1 ncpus=2compute-0-2 ncpus=2

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 56: Cluster Matter

Running CCAM• Untuk running NWP, PC Cluster dengan 6 processor menggunakan RocksCluster 4.2.1 (CentOS

operating system):

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 57: Cluster Matter

Troubleshooting• Matikan semua firewall • Pastikan NFS server dan client sudah jalan “/etc/init.d/nfs restart”• Cek koneksi ke masing2 client node “ menggunakan perintah ping”• Cek ssh “apakah masih meminta password”• Apakah semua device sudah di mount?• Pastikan menjalankan perintah mpdboot dari folder /home/ccam• Pastikan semua binary sudah terdeteksi “which nama binary” (edit file .bashrc)

BMKG

Puslitbang BMKG

Page 58: Cluster Matter

BMKG

Puslitbang BMKG

TERIMA KASIH