Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

1/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

Analisis Protein dengan Menggunakan PDB ( Protein Data Bank )

1. Buka situs www.rcsb.org

2. Pada bagian menu, dapat dipilih menu yang sesuai untuk mengolah atau menganalisis proteinyang dimiliki.

M

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

2/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

3. Misalkan kita memiliki suatu sekuens yang ingin kita identifikasikan, dapat langsung arahkanpointer pada menu “Search” lalu klik pilihan “Sequences”.

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

3/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

4. Lakukan proses input sekuen ke dalam kolom pencarian.

5. Hasil

Kolom Input

Tidak Terdapat Hasil Yang Sesuai

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

4/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

6. Misalnya dilakukan pemilihan protein teratas

RekomendasiPDB ID

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

5/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

Beberapa tampilan pada bagian Molecular Description

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

6/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

7. Analisis protein melalui PDB dapat pula dilakukan apabila sudah mengetahui PDB ID dariprotein yang akan dianalisis. Misalnya diketahui bahwa PDB ID dari myoglobin adalah“1MBN”.

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

7/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

dan seterusnya seperti penjelasan sebelumnya

8. Untuk memvisualisasikan protein, dapat digunakan menu “Visualize” dan dilanjutkan denganmengklik opsi lainnya, misalnya “Jmol”.

8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank

8/8

Praktikum Biologi Molekuler - M

9. Hasil

Hasil rotasi

10. Dapat dilakukan pembandingan dengan model yang diberikan oleh NCBI dan Swiss-Model.

Sisi Ikatan – Heme Binding Site